Реки Башкирии принадлежат в основном двум крупным речным бассейнам – Волжскому и Уральскому. Только несколько мелких рек на северо-востоке республики – Уй с его верхними притоками, Миасс и др. – относятся к Обскому бассейну. Составляя системы рек Белой (с ее многочисленными большими и малыми притоками), Урала (с притоками – Янгилька, Б. Кизил, Худолаз, Уртазымка и Таналык) и крупнейшего притока Урала – реки Сакмары (с притоками Кургашлы, Урман, Зилаир, Ялан Зилаир, Б. М. Ик), водотоки Башкирского Урала служат путями стока атмосферных осадков в трех направлениях – на запад, восток и юг. При этом система реки Белой дренирует западный склон Башкирского Урала с его широкой зоной предгорий, система реки Урала – восточный склон, а система реки Сакмары – область южноуральского пенеплена. Истоки рек и их многочисленных притоков обычно находятся высоко в горах, нередко в субальпийской зоне, среди каменных россыпей, в болотах и озерах. Сначала они кажутся еле заметными говорливыми ручейками, но, постепенно развиваясь, делаются более широкими; они охватывают всю территорию Горной Башкирии, образуя густую сеть быстрых водотоков, типичную для горных стран. Долины наиболее крупных рек заложены обычно в продольных межхребтовых депрессиях, которые в большинстве случаев покрыты пышной растительностью. Местами реки резко меняют свое направление (как, например, река Белая), «прорывает» возвышенности и образуют узкие и обрывистые (под час каньонообразные) отрезки долин; по каменистому с крутым уклоном дну горных долин с большой скоростью текут реки восточной Башкирии. Реки западной части республики (в том числе и река Белая ниже своего широтного колена) текут по дну пологих долин обширной Приуральской равнины, а потому и берега их низки и течение более медленно.

Река Белая (по-башкирски Ак-Идель) – главная водная артерия республики, берет начало в западных отрогах Урал-тау и течет сначала на юго-запад, затем круто поворачивает на север и впадает в реку Кама слева в 380 км от ее устья. Длина реки 1475 км, а площадь водосборного бассейна составляет 142,7 тыс. кв.км (130). Таким образом река покрывает своими притоками почти всю территорию республики; она вбирает в себя воды Уфы и Сима, Демы и Уршака, Таныпа и Ашкадара.

Белая – самая крупная река Башкирии, судоходная на большей части своего течения. Она несет на себе большие пароходы и плоты. По ее живописным берегам разместились города и многочисленные селения.

Важнейшими притоками реки Белой являются: Уфа, также имеющая несколько значительных притоков (Ай, Юрюзань, Тюй), Сим (с притоками Инзер, Лемеза), Нугуш, Ашкадар, Уршак, Дема, Чермасан, Сюнь и Быстрый Танып. Почти все эти реки являются сплавными и используются для сплава леса и в энергетических целях.

Река Уфа – главнейший правый приток реки Белой – берет свое начало на северо-восточном склоне горы Юрма из озера Уфимского. В верхней и центральной частях река Уфа протекает по сравнительно глубокой и узкой долине среди каменистых горных хребтов южной оконечности Среднего Урала и мощных известняковых гряд Уфимского плато. В долине реки и ее ближайших окрестностях много карстовых воронок и мелких озер; значительное развитие в этом районе имеют также пещеры.

Из других рек Башкирии (кроме Белой и ее притоков) наиболее крупными, имеющими важное хозяйственной значение, являются: Ик (левый приток Камы), верховья Сакмары с притоками Б. Ик, Урман Зилаир, Ялан Зилаир и Таналык (приток Урала).

Приток Камы, река Ик, протекает вдоль западной границы Башкирии и является единственной крупной рекой в этой части описываемой территории. Река Сакмара с притоками и река Таналык дренируют южные районы республики. Эти реки протекают по территориям с малым количеством осадков, нередко страдающим от недостатка влаги. Особенно большое значение имеет река Таналык, питающая водой зауральскую часть Юго-восточного промышленного района республики.

Башкирия богата также озерами, болотами и прудами. Наибольшее количество озер находится в зауральской части республики: Курман-куль, Шерамбай, Ала-куль, Куш-куль, Карагай-куль, Белое, Учалы, Узун-куль, Улянды, Карабалыкты, Банное, Мулдак, Чебаркуль, Талкас, Култубан, Юмуркалы и др. Почти все перечисленные озера Башкирского Зауралья имеют продолговатую форму и вытянуты параллельно горным хребтам, что, надо полагать, связано с их тектоническим происхождением. Озера эти обильны рыбой (до 40 видов).

Среди озер западной части Башкирии наиболее крупными являются: Аслы-куль, имеющее площадь в 18,5 кв. км, и Кандры-куль с площадью в 12,0 кв. км.

Близ села Табынска Гафурийского района, на луговой стороне реки Белой, располагаются богатые рыбой озера Ак-куль и небольшое, продолговатой формы озеро – Ка-куль – старица реки Белой. Котловины этих озер произошли вероятно от провалов в гипсоносных толщах.

В Башкортостане известно около 20 водопадов. Из них наиболее значительные: Атыш, Кук-Караук, Ибрагимовский (Гадельша).