Кения знаменита и своими внутренними водами. В тектонических котловинах Рифт-Вэлли ( Великого Восточно-Африканского Разлома) лежат десятки озер каждое из которых уникально как по физико-химическим параметрам воды, так и по своей флоре и фауне. У подножия горы Лонгонот, на высоте 1880 м., лежит священное озеро масаев - Найваша, в районе которого обитает более 340 видов птиц и большая популяция бегемотов. На острове Кресент гнездится редчайший африканский орел, а окрестности потухшего вулкана Лонгонот превращены в небольшой заповедник. Озеро Баринго - один из самых потаенных уголков страны. Здесь проживает более 400 видов птиц и богатая ихтиофауна. Мимо живописного озера Элментайта можно проехать к озеру Накуру (156 км. от Найроби), знаменитому многомиллионными стаями розовых фламинго, парком "Лейк-Накуру", археологическим участком Хиракс-Хилл и самым старым питомником носорогов в Кении.

В этом же районе расположено озеро Богория, которое называют самым красивым озером Африки. "Нефритовое море" озера Туркана считается одним из самых соленых водоемов в мире, но даже этот фактор не мешает буйству жизни - в озере водятся огромные нильские окуни, множество других видов рыб, а также самая большая популяция крокодилов в стране. Озеро Магади лежит на высоте 1000 м. южнее столицы, у самой границы с Танзанией, и знаменито своим уникальным составом воды - здесь содержится столько соды, что жизни просто не может быть. Однако здесь обитает огромная популяция фламинго, а засыпанные вулканическими породами берега дают пристанище десяткам видов животных. Весь этот район изобилует вулканическими формами рельефа, горячими источниками, фумаролами и гейзерами, напоминающими о бурных тектонических процессах, протекающих в недрах Рифт-Вэлли[23].